Perioada modernă (secolele XIV-XVIII)

Începând cu secolul al XVI-lea, numele codicelor Vatopedi au fost în continuă creștere. Scribi precum ieromonahul Nikephoros și călugărul Chiril pentru secolul al XVI-lea sau Grigore de Laodiceea și Grigore de Calliergis pentru secolele al XVII-lea și al XVIII-lea sunt cunoscuți dintr-unul sau mai multe dintre codicele lor păstrate în biblioteca Mănăstirii Vatopedi. Multe alte manuscrise au fost adăugate în această perioadă din colecțiile personale ale unor frați învățați cunoscuți ai Mănăstirii. Dintre numeroasele astfel de cazuri, se remarcă biblioteca Mitropolitului de Tesalonic, Macarios, care a murit în 1546, și a lui Synesios El(l)anikou din secolul al XVII-lea - care a fost și scrib.

Se pare însă că în această perioadă au început și pierderile de manuscrise. Primul caz cunoscut este cel al cărturarului Nicolae Sofianos (secolul al XIV-lea), pentru care nu se știe câte și ce manuscrise a obținut de la Mănăstire. Dimpotrivă, există multe dovezi despre călugărul rus Arsenios Suchanov, care în 1653-1655 a transferat la Moscova 64 de manuscrise Vatopedi pentru a fi folosite în corectarea cărților bisericești rusești pe care patriarhul rus o încerca. Majoritatea acestor codice se află astăzi la Muzeul Istoric din Moscova, în timp ce altele au fost împrăștiate la Petersburg, Dresda și Harkov. Cazuri de pierderi sunt consemnate și în secolul al XIX-lea și privesc în principal codicele clasice.