Epoca modernă (din secolul al XIX-lea încoace)

În secolul al XIX-lea, activitatea de copiere în Mănăstire a continuat, în ciuda răspândirii cărților tipărite. Printre bibliografii cunoscuți, merită menționate numele ieromonahului Ioasaf din Paros și ale arhimandritului Iacob de Vatoped, de la care provin cel puțin 50 de codice. Alte manuscrise au intrat în bibliotecă din moștenirea unor celebri Vatoped, precum cele ale lui Grigore de Adrianopol, și din feudele Mănăstirii din principatele dunărene.

Totuși, în această perioadă, deplasarea codicelor a continuat. În 1802, călătorul englez Clarke a adus la Londra celebrul codice cu discursurile celor zece oratori atici, care se pare că a aparținut donației lui Ioan Kantakouzen, în timp ce între 1841-1843, grecul Minas Minoidis a furat mai multe manuscrise sau părți din manuscrise în numele guvernului francez, care se află acum în Biblioteca Națională a Franței. De o amploare mai mică, dar la fel de importante, au fost furturile lui Konstantinos Simonides, care în 1853 a tăiat și a vândut o foaie din celebrul codice cu Geografia lui Ptolemeu către British Museum, și ale arhimandritului rus Uspenskij, care a furat și el codice.

Totuși, în secolul al XIX-lea, au început lucrările de conservare a colecției Vatopaidin. Pe lângă transferul bibliotecii în turnul sigur al Panagiei, în 1869 majoritatea codicelor au fost colectate de ierodiaconul Antim de Vatopaidin și de călugărul Savvas, în timp ce au început și eforturile de catalogare a manuscriselor, care au fost finalizate în 1924 odată cu publicarea catalogului lui Arkadios de Vatopaidin de către Sofronios Efstratiadis.