Современный период (XIV-XVIII века)

Начиная с XVI века, число авторов кодексов Ватопеди постоянно росло. Известны такие писцы, как иеромонах Никифор и монах Кирилл XVI века, а также Григорий Лаодикийский и Григорий Каллиергисский XVII и XVIII веков, чьи кодексы хранились в библиотеке Ватопеди. В это же время к ним добавились многочисленные рукописи из личных собраний известных учёных братьев монастыря. Среди таких примеров выделяется библиотека митрополита Салоникского Макария, умершего в 1546 году, и библиотека Синесия Эль(л)анику XVII века, также бывшего писцом.

Однако, по-видимому, в этот период начались и утраты рукописей. Первый известный случай — это случай с учёным Николаем Софианосом (XIV век), о котором неизвестно, сколько и какие рукописи он получил из монастыря. Напротив, есть много свидетельств о русском монахе Арсении Суханове, который в 1653–1655 годах перевёз в Москву 64 рукописи Ватопеди для использования в исправлении русских церковных книг, которое пытался осуществить русский патриарх. Большинство этих кодексов сегодня находятся в Историческом музее Москвы, а другие разбросаны по Петербургу, Дрездену и Чаркову. Случаи утраты отмечаются и в XIX веке и касаются в основном классических кодексов.