Современная эпоха (с XIX века и далее)

В XIX веке, несмотря на распространение печатных книг, в монастыре продолжалась деятельность по переписыванию. Среди известных библиографов стоит упомянуть имена иеромонаха Иосафа с Пароса и архимандрита Иакова из Ватопеди, от которого происходит не менее 50 кодексов. Другие рукописи поступили в библиотеку из наследия известных жителей Ватопеди, таких как Григорий Адрианопольский, а также из монастырских владений в Дунайских княжествах.

Однако в этот период перемещение кодексов продолжалось. В 1802 году английский путешественник Кларк привёз в Лондон знаменитый кодекс с речами десяти аттических ораторов, который, по-видимому, был подарен Джоном Кантакузеном, а в 1841-1843 годах грек Минас Миноидис похитил несколько рукописей или частей рукописей по поручению французского правительства, которые сейчас находятся в Национальной библиотеке Франции. Менее масштабными, но не менее важными были кражи Константиноса Симонида, который в 1853 году вырезал и продал Британскому музею лист знаменитого кодекса с «Географией» Птолемея, и русского архимандрита Успенского, который также похитил кодексы.

Однако в XIX веке начались реставрационные работы над коллекцией Ватопаидина. Помимо переноса библиотеки в безопасную башню Панагии, в 1869 году иеродиакон Антим из Ватопаидина и монах Саввас собрали большую часть кодексов, а также началась работа по каталогизации рукописей, которая завершилась в 1924 году публикацией каталога Аркадия из Ватопаидина Софронием Эфстратиадисом.