Византийский период

Самая старая из известных рукописей, написанных для монастыря, датируется 1021-2 годами и была заказана игуменом Афанасием (одним из трех его основателей), но сейчас находится в Историческом музее Москвы. Самая старая рукопись аналогичного происхождения, сохранившаяся в нем, — это «Тетраевангелие» 1263 года, единственным известным свидетельством написания которого является то, что оно было написано во время игуменства Арсения.

Особая библиографическая деятельность в монастыре наблюдается в XIV и XV веках. В начале XIV века первый известный кодограф Ватопеди, Каллистос, трудится, и от его руки происходит множество кодексов, преимущественно патристического содержания. Столетием позже мы встречаем Григория и Филофея, которые переписывали литургические книги, возможно, под руководством игумена Геннадия.

В то же время многие правители преподносили Ватопедии ценные кодексы. В середине XIV века монастырь получил в дар 26 роскошных рукописей от императора Иоанна VI Кантакузена, в том числе Евангелие 1340-1 годов с изысканным оформлением из Константинопольского монастыря скаутов. Другие кодексы были посвящены императором Андроником II Палеологом, деспотами Мануилом и Андроником Палеологами, правителем Сербии Иоанном Уклесисом и др.

По всей видимости, в это время к коллекции были добавлены и многие другие важные тома, но нет никаких сведений об их происхождении. К ним относятся кодекс с панегириком императора Льва VI Мудрого X века, кодекс № 84 IX века с ценным агиографическим содержанием, и, конечно же, иллюстрированные кодексы с произведениями Птолемея и Страбона, а также Октатеух.