Позначка та печатка

Емблемою, яку монастир використовує сьогодні, є монограма у візантійському стилі з фразою «Ватопедський», написаною групами складів на чотирьох вусиках хреста. Монограма оточена подвійною декоративною рамкою, всередині якої іноді по колу вписано назву СВЯТИЙ ЦАРСЬКИЙ ПАТРІАРХАЛЬНИЙ І ХРЕСТО-ПІЄТИЧНИЙ ВЕЛИКИЙ МОНАСТИР ВАТОПЕДСЬКИЙ.

Одна з найстаріших збережених печаток монастиря Ватопед датована 1600 роком. У центрі зображено Благовіщення Діви Марії, якому присвячено монастир, із зазначенням дати, а по периметру є напис «ПЕЧАТКА СВЯТОЇ ДІВИ ЦАРСЬКОГО ТА ПАТРІАРХАЛЬНОГО МОНАСТИРЯ ВАТОПЕД». Печатка, яку монастир використовує сьогодні, подібна.