Сучасний період (XIV-XVIII століття)

Починаючи з XVI століття, кількість назв Ватопедських кодексів постійно зростає. Такі переписувачі, як ієромонах Никифор та чернець Кирило для XVI століття або Григорій Лаодикійський та Григорій Калліергійський для XVII та XVIII століть, відомі з одного або кількох їхніх кодексів, що зберігаються в бібліотеці Ватопедського монастиря. Багато інших рукописів було додано в цей час з особистих колекцій відомих вчених братів монастиря. З багатьох таких випадків виділяється бібліотека митрополита Солунського Макарія, який помер у 1546 році, та Сінесія Ел(л)аніку у XVII столітті, який також був переписувачем.

Однак, схоже, що в цей період також почалися втрати рукописів. Перший відомий випадок стосується вченого Миколи Софіяна (XIV століття), щодо якого невідомо, скільки і яких рукописів він отримав з монастиря. Навпаки, є багато свідчень про російського ченця Арсенія Суханова, який у 1653-1655 роках передав до Москви 64 ватопедські рукописи для використання у виправленні російських церковних книг, яке намагався виконати російський патріарх. Більшість цих кодексів сьогодні знаходяться в Історичному музеї Москви, інші ж розкидані по Петербурзі, Дрездені та Харкові. Випадки втрат також відзначені в XIX столітті і стосуються переважно класичних кодексів.