Сучасна епоха (з XIX століття)

У XIX столітті копіювальна діяльність у монастирі продовжувалася, незважаючи на поширення друкованих книг. Серед відомих бібліографів варто згадати імена ієромонаха Іоасафа з Пароса та архімандрита Якова з Ватопеду, від яких походить щонайменше 50 кодексів. Інші рукописи надійшли до бібліотеки зі спадщини відомого ватопедця, як-от Григорія Адріанополя, та з вотчин монастиря в Дунайських князівствах.

Однак, у цей період переміщення кодексів продовжувалося. У 1802 році англійський мандрівник Кларк привіз до Лондона знаменитий кодекс з промовами десяти аттичних ораторів, який, ймовірно, був подарований Іоанном Кантакузеном, тоді як у 1841-1843 роках грек Мінас Міноїдіс викрав кілька рукописів або частин рукописів від імені французького уряду, які зараз знаходяться в Національній бібліотеці Франції. Меншими за масштабом, але не менш важливими, були крадіжки Константіноса Сімоніда, який у 1853 році вирізав і продав Британському музею аркуш знаменитого кодексу з «Географією» Птолемея, та російського архімандрита Успенського, який також викрав кодекси.

Однак у 19 столітті розпочалися роботи з реставрації колекції Ватопеду. Окрім перенесення бібліотеки до безпечної вежі Панагії, у 1869 році більшість кодексів були зібрані ієродияконом Анфімом Ватопединським та ченцем Саввою, а також розпочалися роботи з каталогізації рукописів, які були завершені в 1924 році публікацією каталогу Аркадія Ватопединського Софронієм Евстратіадісом.