Візантійський період

Найдавніший відомий рукопис, написаний для монастиря, датується 1021-2 роками та був замовлений ігуменом Афанасієм (одним із трьох його засновників), але зараз знаходиться в Історичному музеї Москви. Найдавнішим подібним походженням, що зберігся в ньому, є Тетраєвангеліє 1263 року, єдиним відомим свідченням якого є те, що воно було написане за часів ігумена Арсенія.

Особлива бібліографічна активність спостерігається в монастирі в XIV та XV століттях. На початку XIV століття працює перший відомий ватопедський кодограф на ім'я Калліст, з-під чиїх рук походить багато кодексів, переважно патристичного змісту. Століттям пізніше ми зустрічаємо Григорія та Філофея, які переписували літургійні книги, можливо, під керівництвом абата Геннадія.

Водночас багато правителів пропонували Ватопеду цінні кодекси. У середині XIV століття монастир отримав пожертву у вигляді 26 розкішних рукописів від імператора Івана VI Кантакузина, включаючи Євангеліє 1340-1 років з вишуканим оздобленням з монастиря Константинопольських Путівників. Інші кодекси були присвячені імператором Андроніком II Палеологом, деспотами Мануїлом та Андроніком Палеологами, правителем Сербії Іваном Уклесісом тощо.

Здається, що в цей час до колекції було додано багато інших важливих томів, але немає жодних доказів їхнього походження. Такими є кодекс з панегіриком імператора Лева VI Мудрого з X століття, кодекс № 84 з IX століття з цінним агіографічним змістом, і, звичайно ж, ілюстровані кодекси з творами Птолемея та Страбона, а також Октатевх.