Σύγχρονη εποχή (ΙΘ’ αι. κ. εξ.)

Τον ΙΘ’ αι. η αντιγραφική δραστηριότητα στην Μονή συνεχίζεται, παρά την εξάπλωση του έντυπου βιβλίου. Μεταξύ των γνωστών βιβλιογράφων αξίζει να αναφερθούν τα ονόματα του ιερομονάχου Ιωάσαφ από την Πάρο και του αρχιμανδρίτη Ιακώβου Βατοπαιδινού, από τον οποίο προέρχονται τουλάχιστον 50 κώδικες. Αλλα χειρόγραφα εισέρχονται στην βιβλιοθήκη από την κληρονομιά διάσημων Βατοπαιδινών, όπως αυτά του Γρηγορίου Αδριανουπόλεως, και από τα μετόχια της Μονής στις παραδουνάβιες ηγεμονίες.

Ωστόσο και αυτή την εποχή συνεχίσθηκαν οι μετατοπίσεις κωδίκων. Το 1802 ο Αγγλος περιηγητής Clarke μετέφερε στο Λονδίνο τον περίφημο κώδικα με τους λόγους των δέκα αττικών ρητόρων, ο οποίος φαίνεται ότι ανήκε στην δωρεά του Ιωάννου Καντακουζηνού ενώ το 1841-1843 ο Ελληνας Μηνάς Μηνωΐδης απέσπασε για λογαριασμό της γαλλικής κυβερνήσεως αρκετά χειρόγραφα ή τμήματα χειρογράφων, τα οποία σήμερα βρίσκονται στην Εθνική Βιβλιοθήκη της Γαλλίας. Μικρότερες σε έκταση, αλλά εξ ίσου σημαντικές, ήταν οι κλοπές του Κωνσταντίνου Σιμωνίδη, που το 1853 έκοψε και πούλησε στο Βρεταννικό Μουσείο ένα φύλλο του περίφημου κώδικα με την Γεωγραφία του Πτολεμαίου, και του Ρώσου αρχιμανδρίτη Uspenskij, που επίσης απέσπασε φύλλα κωδίκων.

Πάντως τον ΙΘ’ αι. άρχισαν και οι εργασίες συντηρήσεως της βατοπαιδινής συλλογής. Εκτός από την μεταφορά της βιβλιοθήκης στον ασφαλή πύργο της Παναγίας, το 1869 το μεγαλύτερο μέρος των κωδίκων σταχώθηκε από τον ιεροδιάκονο Ανθιμο Βατοπαιδινό και τον μοναχό Σάββα, ενώ άρχισαν και οι προσπάθειες καταλογογραφήσεως των χειρογράφων, οι οποίες ολοκληρώθηκαν το 1924 με την έκδοση του καταλόγου του Αρκαδίου Βατοπαιδινού από τον Σωφρόνιο Ευστρατιάδη.