Βυζαντινή Περίοδος

Το παλαιότερο γνωστό χειρόγραφο που γράφηκε για την Μονή χρονολογείται στα 1021-2 και αποτελεί παραγγελία του ηγουμένου  Αθανασίου (ενός εκ των τριών ιδρυτών της), αλλά βρίσκεται σήμερα στο  Ιστορικό Μουσείο της Μόσχας. Το παλαιότερο ανάλογης προελεύσεως που παραμένει σε αυτήν είναι ένα Τετραευαγγέλιο του 1263, για το οποίο το μόνο γνωστό στοιχείο είναι ότι γράφηκε επί ηγουμενίας  Αρσενίου.

Ιδιαίτερη βιβλιογραφική δραστηριότητα παρατηρείται στην Μονή τον ΙΔ’ και ΙΕ’ αι. Στις αρχές του ΙΔ’ αι. εργάζεται ο πρώτος γνωστός βατοπαιδινός κωδικογράφος, με το όνομα Κάλλιστος, από το χέρι του οποίου προέρχονται πολλοί κώδικες κυρίως Πατερικού περιεχομένου. Ενα αιώνα αργότερα συναντούμε τον Γρηγόριο  και τον Φιλόθεο, που αντέγραψαν λειτουργικά βιβλία, ενδεχομένως με την καθοδήγηση του ηγουμένου Γενναδίου.

Την ίδια περίοδο πολλοί ηγεμόνες προσφέρουν στο Βατοπαίδι πολύτιμους κώδικες. Στα μέσα του ΙΔ’ αι. η Μονή δέχεται μία δωρεά 26 πολυτελών χειρογράφων από τον αυτοκράτορα  Ιωάννη ΣΤ’ Καντακουζηνό  μεταξύ των οποίων περιλαμβάνεται και ένα Ευαγγέλιο του 1340-1 με εξαιρετική διακόσμηση από την Μονή  Οδηγών της Κωνσταντινουπόλεως.  Αλλους κώδικες θα αφιερώσουν ο αυτοκράτορας  Ανδρόνικος Β’ Παλαιολόγος, οι δεσπότες Μανουήλ και  Ανδρόνικος Παλαιολόγος, ο ηγεμόνας της Σερβίας  Ιωάννης Ούγκλεσης κ. ά.

Πολλοί άλλοι σημαντικοί τόμοι φαίνεται ότι εντάχθηκαν αυτήν την εποχή στην συλλογή, αλλά δεν υπάρχουν στοιχεία για την προέλευσή τους. Τέτοιος είναι ο κώδικας με το Πανηγυρικό του αυτοκράτορα Λέοντα ΣΤ’ του Σοφού του Ι’ αι., ο κώδικας  υπ’ αρ. 84 του Θ’ αι. με πολύτιμο αγιογραφικό περιεχόμενο και ασφαλώς οι εικονογραφημένοι κώδικες με τα έργα του Πτολεμαίου και του Στράβωνα και την  Οκτάτευχο.