Νεώτερη περίοδος (ΙΣΤ’-ΙΗ’ αι.)

Από τον ΙΣΤ’ αι. κ. εξ. τα ονόματα των βατοπαιδινών κωδικογράφων αυξάνονται συνεχώς. Γραφείς όπως ο ιερομόναχος Νικηφόρος και ο μοναχός Κύριλλος για τον ΙΣΤ’ αι. ή ο Γρηγόριος Λαοδικείας και ο Γρηγόριος Καλλιέργης για τον ΙΖ’ και ΙΗ’ αι. είναι γνωστοί από ένα ή περισσότερους κώδικές τους που φυλάσσονται στην βιβλιοθήκη της Μονής Βατοπαιδίου. Πολλά άλλα χειρόγραφα προστίθενται αυτή την εποχή από τις προσωπικές συλλογές γνωστών λογίων αδελφών της Μονής. Από τις πολλές τέτοιες περιπτώσεις ξεχωρίζει η βιβλιοθήκη του μητροπολίτη Θεσσαλονίκης Μακαρίου, που πέθανε το 1546, και του Συνεσίου Ελ(λ)ανικού τον ΙΖ’ αι. – ο οποίος υπήρξε και γραφέας.

Ωστόσο αυτή την περίοδο φαίνεται ότι αρχίζουν και οι απώλειες χειρογράφων. Η πρώτη γνωστή περίπτωση είναι αυτή του λογίου Νικολάου Σοφιανού (ΙΣΤ’ αι.), για τον οποίο όμως δεν είναι γνωστό πόσα και ποιά χειρόγραφα απεκόμισε από την Μονή. Αντιθέτως, υπάρχουν πολλά στοιχεία για τον Ρώσο μοναχό Αρσένιο Suchanov, ο οποίος το 1653-1655 μετέφερε στην Μόσχα 64 βατοπαιδινά χειρόγραφα για να χρησιμοποιηθούν στην διόρθωση των ρωσικών εκκλησιαστικών βιβλίων που επιχειρούσε ο ρώσος πατριάρχης. Το μεγαλύτερο μέρος των κωδίκων αυτών βρίσκεται σήμερα στο Ιστορικό Μουσείο της Μόσχας, ενώ άλλοι έχουν διασκορπισθεί στην Πετρούπολη, στην Δρέσδη και στο Charkow. Περιπτώσεις απωλειών σημειώνονται και τον ΙΘ’ αι. και αφορούν κυρίως σε κώδικες κλασικού περιεχομένου.